L'analyse diagnostique bactériologique 

1. La famille de Micrococcaceae

1.1. Caractères d'identification 

Coloration GRAM– des cocci à Gram positif

Mobilité – Non-mobile

Catalase – Positive

Oxidase – Négative

Exigence- bactéries non exigeantes ( les colonies poussent sur le milieu GTS)

Orientation bactérienne : c'est le genre staphylocoques (en bactériologie médicale , on ne peut pas s'orienter vers le genre micrococcus car il est considéré comme un contaminant naturel)

1.2. Taxonomie

La classification des staphylocoques fait appel à deux tests pratiqués couramment dans les laboratoires de microbiologie : la production de coagulase et la résistance à la novobiocine (CMI 1,6 g · mL-1). 

1.3. Aspects macroscopiques

- S. aureus: les colonies sont lisses, rondes, bombées, brillantes, opaques, de 1 mm de diamètre. Elles se pigmentent habituellement en jaune doré (aureus), parfois en jaune citron. Hémolytique (> 24 heures d'incubation)

-  S. epidermidis: sont des colonies rondes, lisses, blanches (S. blancs ou S. Albus.

-  S. saprophyticus:  ont des colonies rondes, lisses, blanches .

1.4. Autres outils d'dentification

1.4.1. Les S.Aureus

- Test ADNase – Positive

- Beta-hemolytique sur la gélose de sang

- ce sont des colonies mannitol +: entourées d’une auréole jaune: Les staph. Aureus fermentent le mannitol, on observe donc une acidification du milieu qui se traduit par virage au jaune de l’indicateur coloré, le rouge de phénol, autour des colonies.

2. La famille de streptococcaceae

2.1. Caractères généraux d'identification

Coloration GRAM – Gram positive

forme: cocci

Mode de regroupement: en chainette

Mobilité – Non-mobile

Catalase – Négative

Oxidase – Négative

Orientation bactérienne: la famille de streptococcaceae

Une fois on a identifié la famille, on devrait déterminer le type d'hémolyse 

2.2. Caractère 2: Type d'hémolyse

Les streptocoques sont divisés en trois groupes en fonction de leur activité hémolytique (lyse des globules rouges). La réaction hémolytique peut être visualisée sur la gélose au sang.

Dans l' alpha hémolyse , les globules rouges restent intacts, mais l'hémoglobine est transformé en biliverdine. Cela provoque un verdissement de la gélose au sang autour des colonies.

Dans la bêta L'hémolyse, les érythrocytes sont détruits par l'hémolysine. Des halos claires apparaîtront autour des colonies. Les streptocoques bêta-hémolytiques sont en outre sub-divisés selon la présence ou non d'un antigène polysaccharidique sur la paroi, spécifiques de sous- groupe.

Dans L'hémolyse gamma, Les streptocoques non hémolytiques ou gamma-hémolytiques provoquent rarement une maladie.

Dans le cas des streptocoques bêta-hemolytiques, on devrait tester la sensibilité à la bacitracine et au sulfamethox- azole (SXT ):

- Les streptocoques du groupe A sont généralement sensibles à une faible concentration de bacitracine et résistantes au SXT;

- Les streptocoques du groupe B sont à la fois résistantes à la bacitracine et au SXT;

- Les streptocoques du groupe C (S. equi S. equisimilis S. zooepidemicus) sont  résistantes à à la bacitracine et sensibles au SXT.

Dans le cas des streptocoques alpha-hémolytiques, on devrait tester la sensibilié à l'optochine. Les pneumocoques sont généralement sensibles à l'optochine alors que les streptocoques et en particulier les streptocoques alpha-hémolytiques, ne le sont pas. 

Quand il s'agit des streptocoques alpha-hémolytique, on s'oriente soit vers les pneumocoques , soit vers les streptocoques oraux ou streptococcus viridans.

- Coloration Gram:   coques à Gram positif

- Mode de regroupement  en pairs avec des formes lancéolées

- Mobilité :  Non-mobiles

- Catalase:  Négative

- Oxidase:  Negative

- sur la gélose au sang : ALPHA HEMOLYTIQUE 

On s'oriente soit vers des Streptococcus pneumoniae, soit vers  des streptocoques oraux

Pour les Streptococcus pneumoniae, elles peuvent se présenter sous deux formes distinctes:

- Des souches virulentes encapsulées, isolées à partir des expectorations chez des patients atteints de pneumonie aiguë, formant souvent des colonies  muqueuses (liées à la production de polysaccharide capsulaire) entourées d'une zone d'hémolyse partielle. Après une culture prolongée (48 heures dans une atmosphère aérobie enrichie de 5 à 10% de dioxyde de carbone), on aura des  grosses colonies dont le diamètre est supérieur à 5 mm.

- Des souches avirulente (flore normale du rhino-pharynx):  les colonies ne mesurent que 0,5 à 2 mm de diamètre, entourées d'une zone d'hémolyse patielle. Ces colonies sont des entités morphologiquement indiscernables de celles des streptocoques Viridans mais, contrairement aux streptocoques Viridans, elles sont sensibles à l’optochine et solubles dans le désoxycholate de sodium (sels biliaires). elles forment des colonies transparentes, brillantes, non pigmentées, gouttes de rosée, ayant tendance à confluer.

lorsque il s'agit  des colonies non hémolytiques ou alpha-hémolytiques.  un isolement est réalisé Sur un milieu bile-esculine (BEA)

Les principaux caractères les différenciant des streptocoques D sont les suivants

3.1. Caractéristiques:

- des bacilles à gram négatifs;

- Ce sont des bactéries anaérobies facultatives et non sporulantes;

- mobiles avec ciliature péritriche à l'exception de Shigella and Klebsiella qui sont immobiles;

-poussant sur milieux de culture ordinaire;

- fermentant le glucose avec ou sans production de gaz;

- réduisant les nitrates en nitrites ( ce qui nous permet de distinguer les entérobactéries des autres bactéries qui réduisent le nitrate en azote gazeux, comme les Pseudomonas et de nombreuses autres bactéries oxydase positive).

- oxydase négatif ( à la différence des bactéries oxydase positive des genres Pseudomonas, Aeromonas, Vibrio, Alcaligenes, Achromobacter, Flavibacterium, Cardiobacterium.)

3.2. Les tests biochimiques

Dans le but de déterminer le genre des entérobactéries, on étudie un caractères biochimiques  importants qui est la fermentation du lactose. Pour cela, on  utilise souvent la gélose MacConkey.

Bactéries fermentant le lactose: (CEEK)

Citrobacter

Escherichia

Enterobacter

Klebsiella

Bactéries ne fermentant pas le lactose: (ShYPS)

Shigella

Yersinia

Proteus

Salmonella

dans le cas des entérobactéries lactose (-), il  est important de réaliser le test ONPG pour pouvoir identifier les genres bactériens:

D'autres caractéres biochimiques sont nécessaires pour l'identifcation bactérienne:

- test urease;

- test d'utilisation de citrate

- test indole;

- test TDA/PDA;

- test VP;

- test de production de H2S;

-  la recherche de la gélatinase;

- la recherche de LDC

A- Le test d'utilisation de citrate:

Ce test permet de faire la distinction entre les coliformes tels que Enterobacter aerogenes (+ ve), qui sont présentes naturellement dans le sol et dans les milieux aquatiques, et les coliformes fécaux tels que Escherichia coli (-ve) dont sa présence dans l'eau est révélatrice d'une pollution d'origine fécale.

B. Le test urée-indole

Le milieu urée-indole contient:

- De l'urée: 

pour la recherche de l'uréase.

- Le milieu  contient également du tryptophane :

dans le but de vérifier la production d'indole et la presence detryptophane désaminase, on doit transferer stérilement à l'aide d'une pipette Pasteur 4 gouttes de milieu Urée indole dans un tube à hémolyse; on ajoute 1 goutte de perchlorure. Sur le milieu restant,on ajoute 3 gouttes de réactif de Kovacs.

les bactéries gram (- ), ox(-) et indole(+) sont la plupart du temps des souches d'E. Coli, P. vulgaris, M. morganii et Providenica.

Point à retenir:

le test de l'indole nous permet de différencier les espèces: 

- Espèce Klebsiella: Klebsiella oxytoca est indole positif tandis que Klebsiella pneumoniae est indole négatif;

- Espèces de Citrobacter: Citrobacter Koseri est indole positif alors que Citrobacter freundii est indole négatif;

- Espèce Proteus: Proteus Vulgaris est indole positif tandis que Proteus mirabilis est indole négatif.